CESI surađuje s nizom nevladinih organizacija i mreža te sudjeluje u različitim inicijativama.
Nevladine organizacije:
CGI – Centar za građanske inicijative Poreč
Delfin – Centar za podršku i razvoj civilnog društva
INTERRIGHTS – International Centre for the Legal Protection of Human Rights
Mreže:
ASTRA – Central and Eastren European Women’s Network for Sexual and Reproductive Health and Rights
EuroMed – Euro-Mediterranean Network
Euromed Feminist Initiative IFE-EFI
SEE-ECN – South East European Educational Cooperation Network
NEWW – Network of East-West Women
WGNRR – Women’s Global Network for Reproducitive Rights
INSTRAW – International Research and Training Institute for the Advancement of Women
ENAWA – European and North American Women Action
MMH – Mreža mladih Hrvatske
Inicijative:
Platforma za međunarodnu razvojnu suradnju organizacija civilnog društva iz Hrvatske
Forum za jednakost
Hrvatska alijansa europske godine građana
Antidiskriminacijska mreža
Koordinacija za integraciju
Inicijativa za obrazovanje za demokratsko građanstvo i ljudska prava