CESI surađuje s nizom nevladinih organizacija i mreža te sudjeluje u različitim inicijativama.

Nevladine organizacije:

B.a.b.e 

Domine

Ženska soba

Centar za ženske studije

CGI - Centar za građanske inicijative Poreč

Delfin - Centar za podršku i razvoj civilnog društva

Zelena akcija

Kuća ljudskih prava

INTERRIGHTS - International Centre for the Legal Protection of Human Rights 

Mreža udruga Zagor

Mreže:

ASTRA - Central and Eastren European Women's Network for Sexual and Reproductive Health and Rights

EuroMed - Euro-Mediterranean Network

SEE-ECN - South East European Educational Cooperation Network

NEWW - Network of East-West Women

WGNRR - Women's Global Network for Reproducitive Rights

INSTRAW - International Research and Training Institute for the Advancement of Women

ENAWA - European and North American Women Action

Pravo na grad

MMH - Mreža mladih Hrvatske

Inicijative:

Platforma 112

Platforma za međunarodnu razvojnu suradnju organizacija civilnog društva iz Hrvatske

Forum za jednakost

Hrvatska alijansa europske godine građana

Antidiskriminacijska mreža

Koordinacija za integraciju

Inicijativa za obrazovanje za demokratsko građanstvo i ljudska prava